1942年7歳ユダヤの少年ヨゼフは両親と別れて、カトリックのポンス神父に伴われて、ナチス占領下のフランス片田舎のカトリック小学校に隠れ住む。わき役は反ナチスの薬剤師のマルセルおばさんと優秀な家系育ちで反抗的なユダヤの少年ルディ。夜中に寮を抜け出し、旧く寂れて気味の悪い教会堂に消えていくポンス神父を、そっと追いかけて忍び込み、神父の秘密を知ったヨゼフ。ポンス神父がナチスの手から救おうとしていたのはユダヤ人少年たちの命だけではなかった。箱舟に積み込んでいたものは? 大人になったヨゼフはポンス神父の後につづく。